A II. világháború kitörésének másnapján az egész ország területén üzemanyag korlátozást rendeltek el, amire az autóbuszüzem az üzemórák csökkentésével reagált. 1939. szeptember 21. és október 4. üzemzárás között hatósági rendelkezés folytán a 18-as, 23-as és 30-as viszonylatokon a forgalom szünetelt, a 26-os, 28-as és 29-es vonalak útvonala rövidült, a 19-es vonalon pedig az üzemidő túlnyomó többségében egy darab személyautó közlekedett. Az év során már csak hat útvonalváltozás történt és csak a BART indított két új járatot Csepel - Új köztemető viszonylatban.

1939 utolsó napján 34 nappali-, 5 éjszakai- és 4 rendkívüli járat közlekedett Budapesten, 195,7 kilométeres hálózaton, 51,8 millió szállított utassal. Az agglomerációban a BART 15, a BHÉV pedig 2 járatot üzemeltetett. A leépülés a következő évben kezdődött meg, ugyanis a fokozatosan elharapódzó gumi- és üzemanyaghiány mellett folyamatosan hordta el a honvédség a fővárosi autóbuszflottát, amit egy idő után már nem lehetett csak a követési idők növelésével és az üzemórák csökkentésével ellensúlyozni.

1940. május 16-ától a 21-es és a 27-es vonalakat leszámítva az üzemidőt este 22 órában korlátozták, a 6-os és 23-as viszonylatok megszűntek, a 11-es és a 14-es járatok útvonala rövidült.

1940. július 2-án hatósági rendeletre ideiglenesen megszűnt a 7-es, 9-es, 10-es, 11-es, 12-es, 14-es, 16/A, 18-as, 19-es, 24-es, 25-ös, 26/A, 28-as, 29-es és a 30-as járatokon a forgalom. A 2-es, a 3-as, a 8-as és a 20-as útvonala rövidült. A forgalom július 17-ére állt helyre.

1940. augusztus 24-én az Észak-Erdély birtokbavételéhez szükséges kocsiszám biztosítása végett a 7-es, 9-es, 12-es, 14-es, 16-os, 18-as, 19-es, 20-as, 23-as, 24-es, 25-ös, 28-as, 29-es és 30-as viszonylatok ideiglenesen szüneteltek, a forgalom 1940. október 1-jére állt helyre. Ezen a napon vette át a BSzKRt a KURÍR Autóbuszvállalat budaörsi járatát, ami innentől 40-es jelzéssel közlekedett a budaörsi Kisfaludy utca és a Fővám tér között, de az autóbuszok éjszaka a Nagyvásártelepet is elérték.

1941. április 7-étől a délvidéki bevonuláshoz szükséges kocsiszám biztosítása érdekében a 7-es, 9-es, 14-es, 16-os, 18-as, 19-es, 20-as, 23-as, 24-es, 25-ös, 26-os, 28-as, 29-es és a 30-as vonalakon a közlekedés ideiglenesen szünetelt, a forgalom május 9-ére állt helyre.

1941. október 16-án az egyre égetőbb üzemanyag- és gumiabroncshiány miatt az üzemidőt napi nyolc órában korlátozták, a 7-es, 18-as, 19-es, 20-as, 23-as, 28-as és 30-as viszonylatok, valamint az operai- és lóversenyjáratok forgalmát véglegesen beszüntették. Munkaszüneti napokon már csak három nappali- és az éjszakai járatokon volt forgalom. 1941. november 9-étől (a jobbra hajtás fővárosi bevezetésének napjától) az autóbuszforgalom, a 22-es és a trolibuszvonal, valamint az éjszakai járatok kivételével vasárnapokon szünetelt, hétköznapokon az autóbuszok csak üzemkezdettől 9 óráig és 13 órától 19:30-ig közlekedtek. A délelőtti üzemszünet idejére (később kiterjesztett üzemidőben) a 3V-t indították december 17-én.

1942-ben tovább szűkült az üzemidő. A villamosjáratok viszont csak kisebb korlátozásokkal jártak, így az autóbuszok utasai, ahol arra lehetőség volt, átterhelődtek a villamoshálózatra. Az így keletkező kapacitásgondokat úgy próbálták meg orvosolni, hogy egyre több buszt alakították át sínautóbusszá, amelyek először a 10-es (Városliget - gróf Klebersberg utca), majd később a 37-es (Baross tér - Jászberényi út) villamosvonalakon közlekedtek.

Eddig nem nagyon dobálóztam ilyen adatokkal és ezután is már csak egyszer fogok, most viszont álljon itt néhány: 1939 év végén az autóbuszok 2,3 millió teljesített menet mellett 14,5 millió kocsikilométert futottak, 51,8 millió szállított utas és 14,7 millió pengő bevétel mellett. 1942 év végén 822.000 teljesített menet mellett 5,2 millió kocsi-kilométer volt már csak a teljesítmény, a szállított utasok száma 25 millió főre, a bevétel pedig 9,9 millió pengőre csökkent. Feltűnő, hogyan fogytak el az autóbuszok a fővárosból, de a hálózat még annyira nem állt rosszul: megvolt 21 alap-, 6 betét- és 4 éjszakai járat, csak éppen busz nem járt mindig rajtuk.

1943-ban aztán megkezdődött a vonalak felszámolása, aminek eredményeként az év végére már csak 9 alap- és 6 betétjárat közlekedése maradt fent, az éjszakai járatok mellett. Az üzemidő napi pár órára korlátozódott és a vonalak vagy csak délelőtt, vagy csak délután és kora este közlekedtek. Este 8 óra után pedig már csak a 8A, a 11-es, a 22A és a 29A járatokon volt forgalom.

A megmaradó vonalak közül 1944. január 20-án a 8-as, 10-es, 16A és a 27-es, majd 1944. március 12-én a 3V, 8A, 11-es, 16-os, 16B, 17-es, 22A, 24-es, 25-ös, 29A és az éjszakai járatok is megszűntek. Ezután már csak T jelzéssel a trolibusz helyett, 6-os jelzéssel pedig a Várba közlekedtek buszok pár hétig, továbbá a Dunai Repülőgépgyár rommá bombázásáig a Szent Imre térről jártak ki oda munkásjáratok. Utolsóként a 21-es viszonylat maradt fent és pontosan nem lehet tudni mikor, de még a főváros ostromának kezdete előtt, nagyjából november elején, a lakosság evakuálásának kezdetekor szűnhetett meg és vele együtt Budapesten, története során másodszor teljesen megszűnt az autóbuszközlekedés.

Az erőddé nyilvánított fővárosban a harcok 1945 februárjában értek véget. A február 21-ei leltár szerint mindössze kilenc darab működőképes autóbuszt számoltak össze a 70 belövést kapott, romokban heverő Szent Domonkos garázsban. „A háborús események következtében az autóbuszüzemünk épületeiben óriási károk keletkeztek, járműparkunk majdnem teljesen megsemmisült. Az ostrom előtti 309 autóbuszunkból nyugatra szállítottak 134 db-ot, hazánkban ismert helyen 18 db volt. A többiek vagy teljesen megsemmisültek, vagy olyan nagymérvűen megrongálódtak, hogy teljesen üzemképtelen állapotban voltak. Autóbuszüzemünk csak gördülőanyagokban, 1938-as értéken 16 069 000 pengő (napjainkban ez úgy 50 milliárd forint) kárt szenvedett a háború alatt.”

A Romokban heverő főváros tömegközlekedésének újjáélesztése folyamatosan téma volt és amint az üzem képes volt megfelelő számú kocsit helyreállítani, újra is indultak az autóbuszok a fővárosban. Ez a nap végül 1945. július 2-án jött el és az első viszonylat immár harmadik alkalommal is az 1-es lett, de ezúttal az Eskü térről a pesti rakparton és a Ferenc József pontonhídon át a Gellért térig közlekedett. Augusztus 1-jén megindult az 5-ös gyorsjárat a Deák tér és a Széll Kálmán tér között a Kiskörúton, a pontonhídon, a Gellért rakparton és az Attila úton át. 1945. november 18-23. között az Erzsébet híd romjai mellett emelt Petőfi pontonhídon is próbálkoztak a rendszeres közlekedéssel, azonban a járművek alatti erős mozgása miatt erről gyorsan letettek. Időközben a BART is elkezdte újraindítani főváros környéki járatait.

A Duna vízállásának ingadozásai többször is zavarták a Ferenc József pontonhíd forgalmát, de végül egy jégzajlás tette tönkre az ideiglenes szerkezetet december 22-én, ami miatt az 1-es viszonylat megszűnt, az 5-ös pedig csak a Széll Kálmán tér és a Gellért tér között közlekedett. Így a hat évvel ezelőtti 34 vonalas budapesti autóbuszhálózatból 1946. január 1-jére egyetlen viszonylat maradt meg, 1-8 kocsival kiadva.

1946. január 7-étől az 5-ös ismét elérte Pestet a kijavított pontonhídon keresztül, január 18-án pedig az első állandó hídként forgalomba helyezett Kossuth hídon vezették át. Érdekesség a híddal kapcsolatban, hogy a budai hídfőnél nem lehetett egyenesen le-, illetve felhajtani rá, hanem csak egy-egy szűk ívben haladva. Ebből és az egyirányú utcák rendjéből következett az, hogy most az 5-ös és a később a hídon közlekedő többi járat is akkora kerülőt tett a budai oldalon. Továbbá az autóbuszok mindössze 10 km/h sebességgel haladhattak át rajta.

A Kossuth hídon 2-es és 12-es, az óbudai troli helyett 7-es, a Rózsadombon 11-es, a Belvárosban 15-ös, a Gyömrői úton 17-es, Csepelen 21-es, Pestújhelyen 24A és végül Rákospalotán 25A jelzéssel indultak autóbuszok 1946-ban. Azonban jól példázza az állapotokat az 1-es és 5-ös viszonylat, amik különböző okok miatt az év során 3, illetve 2 alkalommal is megszűntek a folyamatos alkatrész-, gumiabroncs-, kocsi- és üzemanyaghiány miatt. De az év végét megélő viszonylatokon is inkább csak ad hoc jellegű volt a közlekedés. Sőt, március 6-ától 20-áig harmadik alkalommal is teljesen szünetelt az autóbuszközlekedés a főváros útjain.

1947-ben, továbbra is a hiánygazdálkodás jegyében, egyre több régi viszonylaton indult újra a forgalom (10, 22, 29), szerveztek egészen új járatot (18) és a lehetőségek függvényében alakították a meglévők útvonalát is. 1948-ban újraindult (1945 óta negyedik alkalommal) az 1-es viszonylat. 3-as jelzéssel a Szabolcs utca és a Királyhágó tér, 4-es jelzéssel pedig az Oktogon és a Böszörményi út között szerveztek járatokat. Megindult a ma is ismerős 9-es vonal egy részén a forgalom, a 7-es a Karolina köröndtől már egészen a Nagy Lajos király útjáig, a 20-as az újpesti Nádor utcáig, a 25-ös pedig Rákospalotán a Károlyi Sándor útig közlekedett. Április 5-én, a részben átadott Margit hídon át indult meg a 6-os viszonylat a Nyugati pályaudvar és Óbuda, Flórián tér között (az első tervek után 33 évvel), augusztus 2-án pedig, a szárnyhíd átadásakor újraindult a 26-os a Margitszigetre.

A háború előtti hálózat részleges újjáélesztése és régen tervezett „városi” járatok elindítása mellett 1948-ban már tetten érhető, hogy a fővárosi autóbuszüzem egyre több kifutó- és kültelepi járatot szervezett, részint a korábban már arra közlekedő járatok átvételével, ami a budapesti közlekedésben betöltött szerepére is egyre nagyobb hatással lett. A BHÉV államosításkor a mai 34-es járat, valamint a mátyásföldi 14-es járat üzemeltetését vette át a főváros. 1948. november 22-én indult meg a kifutó viszonylatok közötti gyűrűs összeköttetést biztosító 32-es járaton a közlekedés. Babonás őseik példáját nem folytatva az üzem a 13-as járatszámot is kiosztotta, a később villamosokkal részben kiszolgált Nagyvárad tér és Zalka Máté tér közötti új viszonylatra. Eltérő útvonalon két járatot is indítottak a Zalka Máté térről az Új köztemetőbe, vagy Rákosszentmihályon szervezték meg a mindössze fél évig létező 45-öst, mint a fővárosi autóbuszüzem első olyan járatát, ami egyáltalán nem is érintette Budapest területét.

A BART végül 1949-ben került államosításra és az általa, illetve jogutódja a MÁVAUT által üzemeltetett környéki viszonylatok java szintén fokozatosan átvételre került a BSzKRt által, mint a 35-ös (Nagyvárad tér - Pestlőrinc), a 38-as (Csepel - Tököl), a 47-es (Bosnyák tér - Árpádföld), a 48-as (Csepel - Kispest) és az 51-es (Csepel - Új köztemető). A kifutó viszonylatok mellett pedig fokozatosan alakult ki a főváros leendő külső kerületeinek hálózata.

Ha csak a hálózatot nézzük, az autóbuszüzem 1946-tól kezdve a nulláról felállva is képes volt 1949 végére újjászervezni és jelentősen kiterjeszteni hálózatát, de az igazsághoz hozzátartozik, hogy e mögött egy igencsak leharcolt állapotú autóbuszflotta állt. A háború után megváltozott a buszok szerepköre és már nem csak a villamosok kiegészítőjét látták bennük, hanem a gyér közúti forgalom és gazdasági helyzet mellett a tömegközlekedés egyik leggyorsabb és legdinamikusabban változtatható szereplőjét. Ezt tetten érhetjük abban, hogy az 1948-as és 1949-es évben már sorra indultak az új járatok újabb és újabb területek felé, valamint elnézve a hálózat képét a két év elején látható, hogy bizony nem féltek hozzányúlni a meglévő útvonalakhoz sem. Talán egy kicsit nagy is volt a lendület és születtek olyan rövidéletű viszonylatok is (első 38-as, 41-es például), amelyek eléggé érthetetlenek mai szemmel is. Azonban mindennel együtt 1949 legvégére az autóbuszok már 249 kilométeres hálózaton közlekedtek és a FAKV 53 viszonylatán (ebből 26 alap-, 7 betét-, 4 éjszakai-, 1 elágazó-, 15 pedig agglomerációs járat) 397 busz közlekedett, amelyek 76,7 millió utast szállítottak, jócskán lekörözve az 1939-es adatokat.

A következő korszakunkra pedig az autóbuszüzem ismét önállóan fordul rá, ugyanis még 1949. október 1-jével megszűnt a BSzKRt és megalakult a Fővárosi Autóbuszüzem Községi Vállalat (FAKV, 1951. január 1-től FAÜ, mint Fővárosi Autóbuszüzem). Az új vállalatra pedig elég jelentős kihívás várt, ugyanis a buszközlekedés bevezetésben tárgyalt feltételei közül a főváros új területeinek nagy részén egy sem állt rendelkezésre, valamint a járművek állapota jó ideig nem tette lehetővé a megbízható és rendszeres közlekedés fenntartását. Pedig igény az lett volna rá.